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也许，命运之神不允许一位斗士就这样平淡地走完人生的里程；也许，上天希望斗士最后敲击一次醒世的警钟。于是，一个悲壮的结局，在1602年春天拉开了帷幕。
万历三十年（1602年）闰二月，在恶势力的支持下，礼科都给事中张问达上奏弹劾李贽，诬蔑李贽有三大罪状，一是惑乱人心；二是行为不端；三是败坏风习，他说，李贽现在移居通州，他一旦进入京城，就会像在麻城一样蛊惑人心。请求惩治李贽，并焚毁其书籍。明神宗令五城兵马司严拿治罪。于是兵士马不停蹄直奔通州。
这时的李贽已重病在床数月，对外界的这一切毫不知晓。当听见门外的喧哗人声时，他便问匆匆进门的马经纶，马经纶回答：“兵马司来人了。”李贽一下就明白了，他迅速下床，只迈了几步就走不动了，便大声说：“他们是为我而来，快给我取门板来！”于是他躺卧在门板上，高声说道：“快走，我是罪人，不能停留。”于是他被人抬着，向外走去。
此刻，马经纶显示出了燕赵之士的侠肝义胆，坚决要与李贽同行。李贽阻止道：“被革职者不许入京，这是制度，而且你还有老父在。”马经纶说：“朝廷把您当作妖人，那我就是窝藏妖人者，要死我们就一同死，绝不能让您去坐牢我却留在家里。”于是他们一同离开通州城。就这样，李贽在这个迟到的春天里，被抬进了北京城，投进了监牢。
第二天，兵马司的一个指挥审问李贽，李贽被架着胳膊拖进大堂，由于无力，他躺卧在冰冷的石阶上。指挥问：“你为什么写坏书？”李贽答：“我著书甚多，白纸黑字，它们对圣教有益无害！”指挥对李贽的倔强也无可奈何，只好不了了之。
按照李贽的情况，顶多是发回原籍，不会治其他的罪，但却迟迟没有处理结果。对李贽来说，被自己的敌人投进监狱却无力反击，这本身就是耻辱和遗憾，而重病使反击的可能变得更加渺茫，这是他所无法容忍的。实际上，就他的性格而言，不论最后的处理结果是什么，他都会以死作为最后的抗争。1602年的三月十五日，李贽在狱中以剃刀自刎，次日逝世，终年76岁。一代奇人，用壮烈的死，为自己的人生画上了一个大大的惊叹号，也向后世控诉了封建专制的黑暗。
李贽死后，马经纶将李贽葬在通州城北三里的迎福寺西，其葬式完全依照李贽在《李卓吾遗言》的吩咐。墓高一丈，树碑二通，周围种满白杨……
李贽一生四次到北京，通州之行是最后一次。
李贽第一次来京是在嘉靖四十年（1561年），目的是求官。但他只是举人出身，求官十分不易。李贽后来追述首次来京的情景：“在京师住了十个月，得不到位置，钱快用光了，只好到塾馆中教学生来养家，又教了十多个月的书，才得到一个空位置”，也就是说，在失业近2年后，到了1563年他才重新有了工作，这个工作就是北京国子监博士，仍是教书。此前李贽做过河南共城教谕、南京国子监博士，都是教官。
嘉靖四十五年（1566年），已经40岁的李贽来到北京，担任了礼部司务，这是他第二次来京，也是他在京生活时间最长的一次。礼部司务是一个隶属于礼部司务厅的九品小官，相当于干事或文书，负责办理一些具体的事务。在这个职务上，李贽一直做了四年，直到隆庆四年（1570年）他升任南京刑部员外郎为止。礼部司务是一个穷官，经济上所得极为有限，但李贽却不以为意，他把求“道”（关于人生的真学问），作为来京的目的。这是他此前多年的追求。
俗话说，近朱者赤，近墨者黑。在同僚李逢阳、徐用俭的影响下，李贽终于认识和接受了流行的阳明心学。在接受心学之前，李贽所信奉的是传统的儒学思想，在这样的思想范围里，他不可能创造不朽；因此可以说，心学的接受，是李贽叛逆思想的发端。而这，又与北京是分不开的；当然，他人生旅途中的更大坎坷也是从这开始的。
万历二十五年（1597年）八月，71岁的李贽第三次来到北京。
李贽这一次是路过，他要等待他的另一个朋友焦竑一同前往南京，商讨他的著作《藏书》的出版事宜。《藏书》是他在山西改定的一部历史著作。
李贽寓居京西极乐寺，此时正是深秋时节，他不以诗词见长，但面对久别重逢的京师秋景，还是吟出了“时逢重九花应醉，人至论心病已苏；老桧深枝喧暮鸦，西风落日下庭梧”的诗句。秋尽冬来，冬去春回，李贽在极乐寺迎来了新的一年。新年第一天，大雪纷飞，漫天皆白，他在《元日极乐寺大雨雪》中写道：“万国衣冠共一新，婆娑独占上方春；谁知向阙山呼日，正是花飞极乐辰。寂寂僧归云际寺，溶溶月照陇头人。年来鬓发随刀落，欲脱尘劳却惹尘”。诗的后两句，写的是他的烦恼，而这严酷的现实，与“万国衣冠共一新”的新气象是那么遥远，这令他十分的感慨。这年春末，李贽与焦竑一同乘船，顺运河南行，离开了北京。
通州迎福寺西的李贽墓一直保存了350年，1953年，卫生部在该地建造北京结核病医院，将墓迁走。其后又几经迁移，终于在1983年将李贽墓迁至通州西海子公园内。当年焦竑题写的“李卓吾先生墓”的石碑仍树立在墓前。 （张兆裕）
在明代东西方文明的交流史上，耶稣会士利玛窦具有不可替代的地位，北京则是他获得这一地位的最重要“平台”。如今的北京，还保留着许多与利玛窦有关的遗迹。
利玛窦是意大利人，字西泰，1552年10月16日生于意大利马塞拉塔城，1571年在罗马加入耶稣会，自愿到远东传教。1577年他参加了耶稣会派往印度传教的教团，同行十四人，次年三月乘船从里斯本出发，九月到达印度果阿。1582年4月利玛窦与巴范济被耶稣会负责远东教务的观察员派往中国协助罗明坚传教。他于1582年（万历十年）8月抵达澳门，第二年他们被两广地方当局获许在肇庆居住。1589年（万历十七年）利玛窦又迁居韶州，以后又到达南京。不久被逐出南京，暂避江西南昌传教。传教团考虑到如果不被明朝皇帝所接见，想长期居留在中国进行传教几乎是不可能的。1598年（万历二十六年）利玛窦重返南京，开始了到北京传教的努力。
利玛窦的第一次北京之行，得到南京礼部尚书王忠铭的资助和护送。他们从南昌出发到达南京，又从南京起程沿水路北上，于1598年（万历二十六年）9月17日）到达北京。在北京，他们获得的一项重大收获，是终于弄明白了他们所在的中华帝国，就是某些书中称之的契丹，而北京就是所谓的汗八里城。利玛窦立刻寄书印度和欧洲，建议修改地图。因为欧洲人一直认为契丹位于中国长城以北，是另一个国家。在北京，利玛窦等人住在南京礼部尚书王忠铭的府中。由于当时正在进行援朝抗倭战争，明神宗拒绝接见利玛窦一行。一个月以后，利玛窦等人被迫返回南京。
1600年（万历二十八年）5月18日，利玛窦等人又一次从南京启程去北京。船靠济宁时，利玛窦在漕运总督刘东星家中又一次见到了李贽，并向他们传播了基督教的教义。与他们的交谈，使利玛窦感到完全是在欧洲的家里，或与好友在他的教会的教堂中，而不是与异教徒在一起。
在天津，太监马堂没收了他们的全部行李，并将其看管起来，拜见皇帝又变得遥遥无期。六个月过去了，正当传教士们度日如年的时候，一天，明神宗忽然想起一份奏书中提到的利玛窦要献给他的自鸣钟，于是下旨命传教士们进京。他们到达北京是在万历二十八年十二月二十一日（1601年1月24日）。献给皇帝的礼物中有：圣母像、基督像、十字架、自鸣钟、《山海舆地全图》、三棱镜、古翼琴、印度棉布、粗羊毛布、玻璃制品、日晷、砂漏、《世界现状》等。明神宗第一次看到了耶稣受难的十字架，惊奇地高声说：“这才是活神仙！”据说他选择了一个最小的耶稣受难十字架，放在他的房间里。神宗很快派太监田尔耕接见了利玛窦，并询问进呈礼物给皇帝的目的。利玛窦等人特别向太监介绍了自鸣钟，并愿意教会中国人对这些钟的操作。于是明神宗指派了钦天监的四名太监学习自鸣钟的管理。三天后钟被送到皇帝面前，明神宗非常喜爱，把一座小钟放在自己的面前。神宗命工部在御花园