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世亲在这里认为可从第二句一切种子识讲起：一切种子识就是阿赖耶识，它在相续的识流中，具有能生的功能，像种子一样，所以称为种子识。这是重在种识一的方面而言，认为阿赖耶识即种子，是虚妄分别种子，他解释阿赖耶识的摄藏义时说：“于中转故，名为摄藏。”
这里的摄藏是共转的意思，即是说本识与杂染诸法是共生共灭的，在此共转中，一切杂染法由种子识而生起，也由之而存在，所以叫摄藏。简单一点说，即阿赖耶识与诸杂染品法共生共灭，杂染品法相对于阿赖耶来说是赖耶的果性，而赖耶是杂染法的因性，正是具有这种共转的功能，所以名为阿赖耶识。
无性释却不如此认为，他说“能摄藏诸法者，谓是所熏”，认为能摄藏种子的功能性叫阿赖耶识，这是侧重在种识的不一来讲，他说种子不是本识，能持这一切种子的才是本识。他解释阿赖耶识的摄藏义，认为“与一切种子俱生俱灭，阿赖耶识与诸转识互为缘故，辗转摄藏，是故说名阿赖耶识”。他认为阿赖耶识与杂染诸法是互为因果的。此二释论，依印顺导师说世亲更为接近无著本义，他在《摄大乘论讲记》中曰：
事实上，无著世亲的本义，是侧重种即识的。这如水中泛起的波浪一样：水是静的，一味的，波是动的，差别的，所以不能说它是一；离水就没有波，波的本质就是水，即水即波，即波即水，故不能说它是异。所以，水与波，是非一非异的。若将波与水严格的划开，说它是不一的，那未免太机械化了。种子与本识的关系，亦复如是。这种子识，有很大的功用，能够摄藏诸法。摄藏，异译作“依住”，就是依止与住处。一切法依这藏识生起，依这藏识存在，所以名为摄藏。一切种子识，能作诸法的摄藏，给一切法作所依处，所以叫它阿赖耶识。96
如果依印顺导师的说法，世亲的解释更符合无著本意的话，则应该以种即是识解说此颂，本识与杂染诸法之间只有一重能所，本识是因性，杂染法是果性。唯识学中阿赖耶识的主要功能，是作为流转与还灭的立足处，因为有了阿赖耶识才可说明万法的现行，以及现行后留下余势力，一切种子识，是一切法的根本，一切法的所依。万有诸法依阿赖耶识而生起，同时，万法所余势力因阿赖耶识得以保存，如此称为阿赖耶识。
2、《解深密经》
《解深密经》是唯识学上一部非常重要的经典，关于此经中的阿赖耶识思想，我在第一部分已有介绍，此不复述。摄论引用此经“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我”一颂来作为阿赖耶识存在的教证。此颂出现在《解深密经？心意相品》的末尾，《心意识相品》在介绍完心意识思想后，用此颂作为总结句，义在重颂前义。
关于此颂的解释，本论的两部重要释论大致一样，因《摄大乘论无性释》的解释比较明白易懂，所以今引此释论来解释此颂。释论曰：
言甚深者，指世聪睿者所有觉慧难穷底故，言甚细者，诸声闻等难了知故。是故不为诸声闻等开示此识。彼不为求微细一切智智故。一切种子如瀑流者，刹那刹那辗转相续不断，如水瀑流。我于凡愚不开演者，怀我见者不为开示。恐彼分别计执为我。何容彼类分别计执，穷生死际行相一类无改易故。97
这意思是说阿陀那识非常深细，它的行相一类相续，如水流，前水不是后水，但水流不断。由于凡夫二乘不求一切智智，其智慧比较浅薄，见此阿陀那识相续不断之行相，很容易就执为我，如此则堕于恶趣，障于圣道，故佛世尊不为他们开演阿陀那识的甚深教法。
我们不禁要问，此识既名阿赖耶识，又为什么名之为阿陀那识呢？依于《摄大乘论》，缘由有二：一者，由此识能执受一切有色根故；二者，由此识为一切自体所依取故。如论言：陶静何缘此识亦复说名阿陀那识？执受一切有色根故，一切自体取所依故。所以者何？有色诸根，由此执受，无有失坏，尽寿随转。又于相续正结生时，取彼生故，执受自体。是故此识亦复说名阿陀那识。98
此识能执受一切有色诸根的意思是：阿陀那识能执持五色根不令坏烂而产生苦乐等感受。我们一个活蹦乱跳喜怒哀乐无常的人为什么跟死尸完全两样呢？这是阿陀那识执受的作用。活着的人，因为阿陀那识的执受，眼等五色根才会不失不坏，直至寿终正寝。没有阿陀那识的执受，一个活着的人立即死去，眼等五色根会逐步坏烂。执取自体所依的意思是：一个生命体最初形成，是离不开识和父精母血这三大因素的，这识便是执持识，即指阿陀那识。当父母结合时，也是众生投生的关键时刻，这阿陀那识在一刹那间便执取父精母血为自体，在母胎里慢慢生长，由名色至六入，乃至出生为婴儿。由此二种功能作用阿赖耶识又名阿陀那识，故《解深密经》中此颂能证明阿赖耶识存在。
3、心意识三证阿赖耶识有体
关于心意识的教法，大小乘皆共有之，但对此的解释，大小乘却是不同的。小乘的看法：《俱舍论》卷四说：
集起故名心，思量故名意，了别故名识。复有释言：净不净界种种差别故名为心，即此为他作所依止故名为意，作能依止故名为识。故心意识三名所诠，义虽有异，而体是一。99
意思是说心、意、识三者为六识之异名，其体实为同一。心有种种差别之义，故称为心；心有起识所依止之义故名为意；心有依托于意而起之义，故名为识。
大乘唯识家的说法：大乘唯识家对心意识的解释有通有别，通则心、意、识可以互相解释。别则其体各别，“心”为第八阿赖耶识，“意”指第七末那识，“识”指前六识。盖因阿赖耶识之集起义胜，故名为心；末那识之思量义胜，故称为意；前六识之了别义胜，故称为识。为什么大乘唯识家要说心意识是不同的呢？佛在经上说“心意识三”的教法，唯识学者认为心意识各各有其自体。首先此中的意及识二体性是有别的，因为此中意乃指无间灭意和染污意。无间灭意，乃大小乘所共许的。而对于染污意，小乘不许其有，故本论以若无染污意便有六种过失来使染污意成立。这六种过失即：如果没有染污意，则有不共无明不得有、五同法不得有、训释词不得有、无想定和灭尽定差别无有、无想天一期生中应无染污、无我执恒行的六大过失。若立染污意，则无其过。所以必须立染污意。此染污意离六识外别有其体，而识即前六识。意和识既各有体，如是此心，亦应别有其体。
此应别有体之心是指什么呢？本论说是阿赖耶识，如论言：“心体第三，若离阿赖耶识，无别可得。”100此心是指阿赖耶识，因为心的意义是积集，即由色、心、心所、善、染、无记种种现法熏习种子之所积集，如论言：“何因缘故亦说名心？由种种法熏习种子所积集故。”101而阿赖耶识的功能也是能积集杂染诸法，故心即是阿赖耶识。因此，由此心的存在能证明阿赖耶识的存在。
4、声闻教中的阿赖耶识
论主在引用大乘经典证明阿赖耶识的存在后，又在声闻经教中找出了阿赖耶识的异名安立。这种以声闻经教中存在着阿赖耶识的异门安立，来反驳声闻不承认阿赖耶识是最为有力的。因为你们既不承认阿赖耶识存在，为什么在你们的经典中有出现阿赖耶识的异门安立呢？本论所找出声闻乘异名安立阿赖耶识的有：声闻乘《如来出现四功德经》中的四阿赖耶、大众部的根本识、化地部的穷生死蕴。如论曰：
复次，声闻乘中亦以异门密意，已说阿赖耶识，如彼《增一阿笈摩》说：世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。为断如是阿赖耶故，说正法时，恭敬摄耳，住求解心，法随法行。如来出世，如是甚奇希有正法出现世间。于声闻乘《如来出现四功德经》中，由此异门密意，已显阿赖耶识。于大众部阿笈摩中，亦以密意，说此名根本识，如树依根。化地部中，亦以异门密意，说此名穷生死蕴。有处有时见色心断，非阿赖耶识中，彼种有断。102
声闻乘《如来出现四功德增一阿笈摩》中有曰：“世间众生，爱阿赖耶，乐阿赖耶，欣阿赖耶，喜阿赖耶。”由于众生爱、乐、欣、喜阿赖耶，故不得解脱。在大乘唯识学者看来，这爱、乐、欣、喜�