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1997年6月，美国特种部队少尉比利参与联合国的非洲维和行动。但他的上级却命令他开枪射杀无辜的非洲平民。Billy在情急之下，将他的上级和同伴杀死。随即比利被捕。
1998年5月，马库斯终于觉醒。他开始复仇。
生化危机的游戏，也就此拉开序幕。
1998年5月11日，洋馆、干部养成所被马库斯破坏，病毒泄露。其中的工作人员相继感染身亡，并成为丧尸和T病毒各种形态的怪物。约翰也死亡。弥留中，他给自己的女朋友艾达·王留下遗书。
1998年5月20日，浣熊市市郊出现登山游客被野兽袭击致死的事件。伤口呈撕咬状。市政府建议游客出游时注意安全。
1998年5月26日，第二起类似杀人事件在市郊发生。死者为一名20岁出头的年轻女性。警察局长布莱恩宣布STARS进行调查。
1998年5月27日，浣熊时报对于26日的杀人事件头条报道。
从此开始，市郊的杀人及攻击事件越来越多。
1998年6月初，由于死亡人数越来越多，安布雷拉修建的秘密实验体处理厂已经无法安全完善的处理尸体。病毒开始在城市内蔓延。
1998年6月16日，各种生化怪物出没于山区。但安布雷拉发动其控制的各种力量，将该类事件均描述为恐怖份子所为。因此，并未引起美国高层的注意。而浣熊市市民，仍旧天真的以为一切很快就会相安无事。
1998年6月30日，瑞贝卡从医校毕业，进入STARS，成为一名实习的医护兵。
1998年7月9日，布莱恩代表警方发表记者招待会，标明针对越来越多的市民投诉市郊的种种伤人事件，警方开始逐步封锁市郊森林，查找元凶。实际原因则是安布雷拉要彻底查明洋馆和养成所病毒泄露的真相。
1998年7月22日，比利被军事法庭宣判死刑。押送他的军车在经过浣熊市郊的时候遭到丧尸犬攻击。比利逃脱。
1998年7月23日，马库斯指挥水蛭袭击了经过市郊的列车，车内乘客无一生还。
2小时后，STARS的Bravo小组出动，赶往现场。恩里克任队长。
《生化危机0》故事开始
途中直升机遭受攻击坠落，而STARS发现了比利的踪迹。队员开始分散寻找，而瑞贝卡在列车上，与比利相遇。
两人在列车上通过安布雷拉高层死亡后遗留的资料得知真相，前往干部培训所，见到了复活后的马库斯。威廉和维斯克也通过监视器看到了马库斯，大为震惊。维斯克深知复活的马库斯肯定不会放过安布雷拉与他们，决定藉此机会脱离安布雷拉。而威廉仍迷恋安布雷拉给予他的权利与地位，不肯放弃。此时安布雷拉惊于STARS队员超强的作战能力，认为这是考验生化武器的绝佳机会，命令维斯克将所有队员带往洋馆。并让维斯克进行战斗数据收集。
瑞贝卡与比利最终干掉马库斯，而干部养成所也灰飞烟灭。比利决定从此隐姓埋名，做一个“死去的人”。瑞贝卡则决定赶往洋馆，阻止病毒的进一步扩散。威廉则将病毒研究，转往建筑在浣熊市内的研究所。临走前，威廉将自己的研究心血－－G病毒样本，留给维斯克一份。
7月24日，鉴于Bravo小队失去联系一整天，维斯克率领余下的所有队员，组成Alpha小队进入市郊森林。
《生化危机1》故事正式开始
alpha小队进入森林即遭到丧尸犬的攻击，而维斯克将队员引导至洋馆中。维斯克在洋馆中干掉了副队长恩里克，将克里斯关进牢中并预备将其与生化武器对抗以采集战斗数据，并以贝利的妻女为要挟，使贝利将吉尔骗至Tyrant的实验室。而这一切都是安布雷拉要他做的事，他自己要做的则是脱胎换骨。
Tyrant觉醒，维斯克事先注射下G病毒，并且引导Tyrant攻击自己。维斯克死亡。
吉尔最终击倒Tyrant，并救出贝利与克里斯。洋馆化为一片灰烬。
而维斯克，获得了他死亡后的重生。G病毒在他体会与宿主共存，并不会造成宿主的外貌改编及智商降低。这使得维斯克成为迄今为止，安布雷拉所有病毒实验中最成功的案例。
1998年7月25日，逃出升天的3人召开记者招待会，会上Chirs严厉斥责了安布雷拉的罪行。随即安布雷拉动用旗下力量开始掩盖事实真相，三人的言行被媒体认为是无聊的猜忌。随后吉尔和克里斯开始转为地下调查。
1998年8月底，贝利辞职。随即他前往加拿大，与妻女团聚。
1998年9月，克里斯决定前往欧洲安布雷拉总部调查真相。而吉尔长期旷工，布莱恩大发雷霆。
1998年9月23日，斯宾塞决定强行抢夺G病毒，因此派遣特种部队进入浣熊市。在浣熊市市内研究所的威廉·巴金被特种部队的队员杀害。G病毒被夺取。在弥留之际，威廉向自己注射了G病毒。然而，病毒与他的身体并不融合，威廉没有像维斯克一样完美，开始变异。随即他杀死多名特种部队队员，而G病毒样本开始在下水道被老鼠传播。
同日，特种部队队员汉克，携带G病毒样本回到安布雷拉总部。斯宾塞获得G病毒。
1998年9月25日，T病毒、G病毒在市内蔓延。城镇内到处都有咬人，杀人案例，警局开始制定作战方案。而安布雷拉向布莱恩下达了延缓抵抗，采集战斗数据的命令，布莱恩因此下令将弹药分散到警局各处，表面上他说是为了方便弹药补给，实则分散了火力，阻挡了抵抗。（这也是为什么到处都能找到弹药的原因）
1998年9月26日，浣熊市内通讯逐渐中断。电视停播。而美国军方开始出动。
1998年9月27日，浣熊市市长迈克尔·奥治自杀。临终之时，他将女儿托付给布莱恩。而布莱恩将市长女儿强奸后杀掉。
1998年9月28日，美国白宫宣布浣熊市遭受严重的病毒灾害，因此准备封锁浣熊市，并研究解决方案。
此时浣熊市已成为人间炼狱。
《生化危机3》故事开始
吉尔作为留守警局的最后一批人，开始寻找幸存者并逃出浣熊市。而安布雷拉派遣特种部队进入浣熊市，开始采集战斗数据并毁灭相关证据。特种部队的一员即卡洛斯，生化危机3男主角。同事安布雷拉派出复仇者，下达指令为：消灭所有STARS队员。
同日，吉尔在与复仇者的对抗中感染病毒昏迷。而卡洛斯为其寻找解药。
同日，里昂在警校毕业。在酒吧与朋友雅克·汤臣狂欢庆祝的他，并不知道浣熊市发生的一切，以及白宫的发言。而克里斯的妹妹克莱尔在大学团体组织的户外登山游中完毕，前往浣熊市寻找自己久未联系的哥哥。
《生化危机2》故事开始
1998年9月29日，里昂驾着吉普车前往浣熊市报道。很快他就发现了浣熊市的现状，并与克莱尔一起前往警局寻找真相。在警局中，里昂遇见了前来寻找自己男朋友，安布雷拉浣熊市主任研究员约翰的女人艾达·王。
在警局中，里昂终于得知真相。克莱尔也在警局中得知哥哥已经前往欧洲。而艾达王也透露了自己实则是安布雷拉间谍的身份。布莱恩被G病毒杀死，而变异的威廉杀死了自己的妻子，并出于生物传宗接代的本能，开始到处寻找自己的女儿雪莉。
里昂、雪莉与克莱尔最终逃出浣熊市，而克莱尔决定前往欧洲寻找哥哥，里昂和雪莉则被中情局控制。在中情局威胁下，里昂加入中情局，为白宫直接服务。而雪莉被维斯克抢走。他坚信在雪莉身上，威廉一定还留了一手。
1998年9月30日，经过美国国会全体投票决议通过，鉴于浣熊市事态已无法控制，决定投下原子弹，将整个城市全部消灭。
1998年10月1日清晨，贝利接上恢复意识的吉尔及卡洛斯，逃出浣熊市。
10时正，原子弹击中浣熊市。浣熊市消失。死亡人数超过10万，而幸存者不足100人。
《生化危机·逃出生天》故事开始
10月中旬，美国各大媒体开始采访逃出浣熊市的幸存者。而这些人也纷纷将自己的经历悉数道出。其中一名记者爱丽莎用DV将很多珍贵的镜头拍摄了下来，成为各大媒体的焦点。而美国由于私下与安布雷拉一直签订生化兵器的研究协议，所以掩盖了真相。安布雷拉企业作为浣熊事件最大的受害者，得到了全球各个国家的同情。
1998年10月9日，靠近法国的法属席那岛上的犯人计划越狱。因为他们得知自己将会被安布雷拉作为活体实验。
1998年10月10日，席那岛的�