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。因此他一反经院哲学的惯例，先讲形而上学。
1649年又出版了《论灵魂的激情》，献给伊丽莎白公主。这是他最后的一部著作。
这时笛卡尔的哲学学说早已轰动一时，但终于因为与基督教会的宗教哲学不合而遭到禁止，他的书也被罗马教廷列为禁书。笛卡尔在荷兰定居达二十一年之久，一方面为了隐居，同时也是避难。他在荷兰曾迁居过二十四次，换过十三个城市，他的来往信件都由他在巴黎的好友麦尔赛纳转寄。布鲁诺的结局和伽利略晚年的遭遇吓坏了他，因为不但在科学方面他是天主教义的敌对者，即使是在哲学方面他也是教会御用的经院哲学的叛逆者。
由于瑞典女王克丽斯蒂娜（当时二十岁）三番五次的邀请，笛卡尔于1649年9月1日登舟去瑞典，得到克丽斯蒂娜的盛情款待；但由于要清晨很早上朝，违反了他清晨睡觉的习惯，而瑞典的冬天的气候又太冷，他着了凉，不幸病倒了，于1650年2月11日死于肺炎，终年仅五十四岁。
译者第一哲学沉思集致神圣的巴黎神学院院长和圣师们先生们：鉴于我向你们提出这本书的动机是正当的，而且我深信，你们在了解到我写这本书的用意以后，也会有正当的理由把它置于你们的保护之下，因此，为了使它在某种程度上可以说是值得向你们推荐的书，我想最好是向你们简单地说明一下我是怎么打算的。
我一向认为，上帝和灵魂这两个问题是应该用哲学的理由而不应该用神学的理由去论证的主要问题。因为，尽管对于象我们这样的一些信教的人来说，光凭信仰就足以使我们相信有一个上帝，相信人的灵魂是不随肉体一起死亡的，可是对于什么宗教都不信，甚至什么道德都不信的人，如果不首先用自然的①理由来证明这两个东西，我们就肯定说服不了他们。特别是罪恶的行为经常比道德的行为在今生给人们带来的好处要多得多，这样一来，如果不是因为害怕上帝的惩罚和向往来世的报偿而在行为上有所克制的话，就很少有人愿意行善而不愿意作恶的。不错，我们一定要相信有一个上帝，因为《圣经》上是这样说的；同时我们一定要相信《圣经》，因为它是来自上帝的（这是因为：“信仰”是上帝的一种恩赐，上帝既然给了我们圣宠使我们相信别的东西，那么他同样也能给我们圣宠让我们相信他自己的存在），不过这个理由不能向不信教的人提出，因为他们会以为我们在这上面犯了逻辑学家们称之为循环论证的错误。
①即不是神学的，而是人类理性的。——译者（以下凡圆码注，均为译者所加）老实说，我已经看出，你们，以及所有神学家们，你们不仅肯定知道上帝的存在是能够用自然的理由来证明的，而且也肯定知道从《圣经》里推论出来的关于上帝的认识比人们关于许多造物①的认识要清楚得多，并且事实上这种认识是非常容易得到的；没有这种认识的人反倒是有罪的。就象《智慧篇》第十三章里所说的那样：“他们的无知是不可饶恕的，因为如果说他们关于世界上的事物深知到如此程度，那么他们从这些事物中怎么可能不更加容易地认出至上的主来呢？”在《达罗马人书》第一章里，说他们是“不可原谅的”，并且在同章里用这样的话说：“关于上帝的认识，都明明白白地存在在他们的心里”。这就好象告诉我们说，凡是可以用来知道上帝的，都可以用这样一些理由来指出，这些理由只要从我们自己的心里去找就够了，不必从别处去找，我们的精神就能够把这些理由提供给我们。就是因为这个原故，我才在这里提出用什么办法以及一定要采取什么方式才能做到认识上帝比认识世界上的事物要更容易、更确切，我想我这样做不致于不合适吧。②①基督教用语，即“世界上的事物”，因为基督教认为世界上的事物都是上帝所创造的。
②法文第二版（未经笛卡尔亲自审核的法文版本）：“……只要观察我们精神的本性就够了。就是因为这个原故，我才在这里提出如何并且用什么办法我们才能不跳出我们自己就可以认识上帝比我们认识世界上的事物更容易、更确切，我想这不会是违背一个哲学家的责任的”。
至于灵魂，很多人认为不容易认识它的性质，有人甚至竟敢说，根据人类的各种理由，我们相信它是和肉体一起死亡的，只有信仰才告诉我们它不是这样。虽然如此，既然在利奥十世①主持下的拉特兰宗教会议第八次会上对他们进行了谴责，并且特别命令基督教哲学家们要对那些人的论点加以驳斥，要全力以赴地去阐明真理，因此我就敢于在这本书里执行这个任务。
①罗马天主教教皇（1513—1521）。
此外，我知道很多没有信仰的人不愿相信有一个上帝，不愿相信人的灵魂有别于肉体，其主要理由在于他们说至今没有人能够对这两个问题做过证明。我虽然不同意他们的意见，而且相反，我认为，那么多伟大人物关于这两个问题提出过的绝大部分理由如果很好加以理解，就都足以做为证明，并且再也找不出什么新的证明理由来；但是我仍然认为，如果从哲学的角度上，出于好奇心①并且仔仔细细地再一次找出一些最好的、更有力的②理由，然后把这些理由安排成一个非常明白、非常准确的次序，以便今后大家都能坚持不移地确认这是一些真正的证明，那么在哲学里就再也不可能做出比这更有好处的事了。
①“出于好奇心”，法文第二版缺。
②“更有力的”，法文第二版缺。
最后，既然很多人都把希望寄托在我身上，他们知道我制定过某一种解决科学中各种难题的方法，老实说，这种方法并不新颖，因为再没有什么东西能比真理更古老的了；不过他们知道我在别的一些机会上相当顺利地使用过这种方法，因此我认为我有责任在这个问题上用它来试一试①。关于这个问题可能说的话②，我都写在这个集子里了。我在这里并不是要把给我们的问题③做证明而可能提出来的各种问题都搜集进来，因为我从来不认为那样做有什么必要，何况那些理由里连一个靠得住的都没有；我仅仅是讲了第一的、最主要的那些理由，而那些理由是我敢于把它们当作非常明显、非常可靠的论证的。我还要进一步指出，我认为凭人的能力，再也没有什么办法可以发现比这更好的论证了。由于这件事非常重要，而且这上面都关系到上帝的荣耀，这就使我不得不在这里把话说得比平常放肆一些。
①法文第二版里是：“因此我认为我有责任在一个如此重要的问题上也做个实验”。
②法文第二版：“凡是我在这方面所能发现的东西”。
③法文第二版：“给如此重大的问题”。
虽然如此，我的这些理由尽管我认为是可靠的、明显的，但是我并不认为大家都理解得了。不过这也和几何学一样。在几何学里，很多论证是阿几米德、阿波罗纽斯、帕普斯以及其他许多人给我们留下的，这些论证，大家都公认是非常可靠、非常明显的，因为如果把它们分别来看，它们所包含的都是非常容易认识的东西，并且结论和前提随处都配合得很好。不过这些论证都有点太长，而且都需要专心去思考，因此只有少数人才能理解。同样，我想我在本书里使用的这些论证，虽然和几何学里的论证同样可靠，同样明显，甚至比几何学里的论证更可靠，更明显，但是我怕很多人还是不能相当充分地理解，一方面因为这些论证也有点太长，并且它们彼此又是相互关联的；另一方面，而且主要的是，它们要求在精神上摆脱一切成见，摆脱感官的干扰。老实说，世界上善于做形而上学思考的人不如善于做几何学思考的人多。此外，不同的还有：在几何学里，大家都认为没有一个可靠的论证就不能前进一步，于是在这方面不是完全内行的人，为了表示他们懂得起见，他们经常错在肯定了一些错误的论证，而不是错在否定了一些正确的论证。在哲学里就不是这样。在哲学里，大家都认为凡是哲学上的命题都是成问题的，因而只有很少的人才乐于追求真理；更糟糕的是，很多人为了猎取才子的名声，竟不揣冒昧地对最明显的真理进行狂妄的攻击。
先生们，就是因为这个原故，所以，不管我的理由的说服力有多大，既然它们是属于哲学范围的，那么假如不把它放在你们的保护之�