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是中国哲学史或中国思想史内部的中国佛学研究，以及佛教教界内部的义学研究，严格说来都与近代欧洲兴起而影响至日本的佛教学不同。这种不同首先在于中国的佛教研究是对中国佛教的研究，更多地侧重于佛教在中国的历史以及“中国佛教”的义理结构，特别是从属于中国思想史或中国哲学史的佛教研究，自然地将佛教放在中国思想史中来考察，尽管关于两者内在关联的自觉研究并不多见，但这样一种自然的意识还是普遍存在的，不过这种意识也由于中国的学科分类的专业意识而受到一定程度的阻碍。欧美日本的佛教学研究，其学科意识和方法意识源自欧洲东方学中的印度学传统，在一定意义上是从与印度学结合的佛教研究中，逐渐取得自身“佛教学”的独立地位的。因此，在方法论旨趣上，依循的是语文学（phU010sy）与哲学（phil。sophy）相结合，强调在文献考证释读的基础上，运用西方哲学的概念工具进行适当地分析批判和比附对照。其中，由于历史意识的缺乏，以及一定程度的“起源即正统”的意识，而导致对作为佛教发展一阶段的中国佛教的忽视，中国佛教仅在提供北传部派佛教和早期大乘佛教文献的意义上受到关注。不过，值得重视的是，欧美日本的佛教学研究，无疑具有一种强大的科学方法优势，运用这种科学方法而产生的学术创获，以及由这种语言文献学训练带来的比较性视野，都使得欧美日本的佛教学研究在百多年里取得了惊人的学术积累。于是，在近年来，随着与日本佛教学术界的交流深入，中国佛教研究多向方法陶冶甚精而成果积累深厚的日本佛教学取法，形成一种谋求在中国建立真正意义上与国际佛教学接轨的佛教学研究的潮流。
这股与国际佛教学接轨的诉求，实际上在百年里一直并未衰歇，但在目前也仅只表现为一种方法论上的努力。这当然与佛教学从属于哲学史与史学学科的实际状况以及佛教自身并未为佛教学研究提供强大的学术制度性保障有关，但中国学术传统的持久影响力带来的对佛教学方法的反思性意识，却始终伴随着中国的佛教学研究。这种反思意识主要表现在两个方面，一是对两个ph（PhiloloSy、philosoPhy）的方法是否完全适应佛教之本性的研究方法的反思，汤用彤先生在《汉魏两晋南北朝佛教史》跋语中曾有过一段著名的评论或可作为这种反思性意识的远源，他说：
“中国佛教史未易言也。佛法亦宗教，亦哲学。宗教情绪，深存人心。往往以莫须有之史实为象征，发挥神妙之作用。故如仅凭陈述之嵬讨，而无同情之默应，必不能得其真。哲学精微，悟人实相。古哲慧发天真，慎思明辨，往往言约旨远，取譬虽近，而见道深弘。故如徒于文字考证上寻求，而乏心性之体会，则所获者其糟粕而已。且说者谓，研究佛教史必先之以西域语文之训练，中印史地之旁通。近来国内外学者，经历年之努力，专题之讨论，发明颇多。然难关滞 义，尚所在多有。故今欲综合全史，而有所陈述，必如盲人摸象，不得其全也。”
汤先生在此特别强调了与佛法作为一种“亦宗教亦哲学”的精神传统之本性相应的研究方法，应该是文字考证上的寻求与同情默应之心性体会的结合。他拈出了“同情之默应”与“心性之体会”这些方法之外的能力，以作为文字考证的科学方法的补充，实际上是更好地体认到了佛教史学之作为一种人文学术的意义。
关于佛教学方法反思的第二种意见，更多是从国际佛教学研究的印度学背景对中国佛教的忽略而开展出的一种对以中国为本位的佛教研究的考量。以往的中国佛教研究实际上一直将中国佛教作为中国思想传统之一来对待，因而在文献上主要依据汉文佛教文献，自然会形成一种未经自觉的中国佛教本位意识。但是经过了国际佛教学研究的方法洗礼和历史语言学视野的陶冶，而再次形成的本位意识必须是一种合题意义上的反思的后果，应该充分认识到佛教在文化间的位置。因此，建基于此种视野之上的对国际佛教学研究的反思，会更加自觉地关注佛教与中国思想传统之间的有机关联，并将中国佛教研究不仅作为理解佛教的一个方面，更重要地作为理解中国思想传统和中国历史的一种进路。对此，日本学者的反思或许会比国际佛教学经验并不充分的中国学者更有说服力。日本著名佛教学者末木文美士曾就日本的中国佛教研究体制上存在的问题，指出单纯依靠印度学的研究方法是不可能完全地把握中国佛教实质这一问题。他认为，需要在日本的宗乘和余乘研究以及国际佛教学研究之外，开辟出第三条研究道路，即是加强与中国学者的合作，在中国思想史的广阔领域内开展佛教研究。就此，他着重强调了研究东亚近代佛教的重大意义，并指出通过东亚近代佛教的比较研究来认识东亚各国现代化道路之异同的重要性。
末木先生关于日本中国佛教研究的反思性意见，实际上已经向我们展现了一种近现代佛教研究的方法论前景。关于这种方法论前景，他曾在为《思想》杂志的2002年佛教特辑《佛教、近代、亚细亚》所写的刊首语中指出，该特辑中的佛教研究，是对日本近代中的佛教思想所具有的多方面作用的检证，是作为日本近代思想史再考察的一个进口。而且，由于日本佛教的多面性，我们可以把佛教作为理解近代日本的关键。以佛教为进路的的日本近代思想史研究，可以成为对以往以日本政治思想史为主的近代思想史研究的再构筑的契机。这些都提示了我们一种不同于以往单纯以佛教为对象的新的佛教研究的可能性。这种以佛教为进路透视思想史的思路和方法，可以首先成为近代佛教研究的方法和旨趣，这一点实际上是由近代思想史的主题所决定的，而并非仅仅出自于佛教研究自身的需要。
近现代佛教之所以能够成为一种思想史研究方法的对象，恰恰是因为近代佛教具有某种为时代所用的性格。对于近代佛教的这种性格，梁启超曾在《论佛教与群治的关系》一文中将由谭嗣同所代表的佛教思想倾向称之为“应用佛学”。实际上，这种所谓的“应用佛学”可以用来作为由康有为、谭嗣同、章太炎、夏曾佑以及梁启超本人所代表的佛教思想路线和倾向。从梁引谭文中体察，所谓“应用佛学”要在能将佛学应用于“成仁取义”不贪生畏死的道德养成上，或者可以推而扩之，所谓应用佛学是通过对佛学精神的新解释，而将其用之于对时代问题的对治解决上。实际上，“应用佛学”之成立，实际上依赖于一种关于宗教与世界、宗教与人性之关系的新理解的出 现，而根据这种观念而来的“应用佛学”严格说来已经不是一种对佛教理论的单纯运用，而是意味着一种新的佛教理论和精神的出现。这种由晚清新学家们所提倡的“应用佛学”，严格说来是一种强调佛教处于宗教和哲学之间的两义性，因而已经从内部改造了佛教的经学性质而使其成为一种宗教哲学。这种佛教观，正是梁启超所期许的关乎“我国今后之新机运”的新佛教。在此意义上，经过了应用佛学自身内部的三个发展阶段之后而相继出现的“经院佛学” （支那内学院）与“人间佛教”（太虚），都秉承了这种新佛教的“应用佛学”气质。因此，我们必须从近现代思想史的整体出发来观察和审视近现代佛教，并进而通过佛教在近代的变化来观察和审视近现代思想史。
关于中国近现代佛教研究的方法与主题相对于传统佛教研究的变化，已经向我们提出了一种挑战，即如何通过方法论的检讨真正进入近现代佛教思想的内部来深入体察和把握。近年内出版的几种近现代佛教研究，如《二十世纪中国佛教》（陈兵、邓子美著）与《20世纪中国佛学问题》（麻天祥著）、《晚清佛教与社会思潮》（麻天祥著）以及《东亚近代佛教》（何劲松著）等，都对佛教与时代思潮的关系有所揭示。但如何对佛教视角和进路的选择之与近代思想的有机性和必要性形成积极的自觉，这一点或许还未为以上研究所关注。在这一点上我们仍然有必要提示一下日本八十年代以来颇为重要的“批判佛教”思潮。所谓批判佛教是通过对以中国佛教的核心理念结构“本觉”的批判，来批判以“本觉”来组织自己教义系统的日本佛教，并进而揭明日本佛教以及以日�