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如说基督教、农业、衣着打扮以及如何使用汤匙和刀叉。这次贝格尔号将他们送返火地岛，随行的还有一名英国国教传教会的年轻牧师，前来火地岛传播现代文明，这里是地球上文化最为落后的地区之一。然而船长的试验惨遭失败，三位“文明”的火地岛人很快返回了他们原来的生活方式，年轻的牧师也要求重新返回贝格尔号。菲茨罗伊表示，乐意将杰米带回，但是他只想呆在属于自己的国家。贝格尔号最终驶离火地岛时，达尔文看到了杰米燃火示意的浓烟——“在军舰驶往广阔无边的大海时，这是一个漫长的永别”。
船长菲茨罗伊绘制的贝格尔号火地岛乘客：非吉阿·巴斯凯特（上部左方）、杰米·巴顿（中部左右）和约克·明斯特尔（底部左右）。达尔文目睹了菲茨罗伊企图将“西方文明”强加给这些火地岛人的失败。
与同时代大部分欧洲人一样，达尔文坚信，西方的生活方式是最先进的。火地岛的插曲使他顿然醒悟，断定应当在一夜之间将“野蛮人文明化”的想法是错误的。他归纳道，应当由火地岛人、澳大利亚土著居民以及其它地方的土人决定他们自己的命运。同时，他正确地预见到，酉方殖民化进程和现代经济的发展将会威胁到他们的生存。
1834年6月，贝格尔号抵达南美洲西海岸，在这里呆了一年多的时间。由于邮递到的赖尔《地质学原理》第二卷的影响，这段航程达尔文的主要兴趣集中在地质学。达尔文手握地质锤，研究安第斯山脉的岩层结构。安第斯山脉是地球上最年轻最险峻的山脉之一，海拔12000英尺处的化石森林和大量的贝类化石令人叹为观止。达尔文还目睹了几次火山爆发并在一次地震中幸免遇难。这些突发事件给达尔文留下了深刻的印象，证明地表总是处于不断地变化和移动之中。达尔文由此得出结论，生命所处的地理环境是流动的、不断变化的。达尔文的地质观测，与他对已经发现化石物种（虽不同于存活的生命，但仍有相似之处）的思考一起，帮助他洞见到，生命为了适应周围环境的变化，本身也是流动的、不断变化的。
南美洲沿岸考察是贝格尔号的首要使命。此任务结束后，贝格尔号用一个月的时间访问加拉帕戈斯群岛，然后在1835年10月开始漫长的返航。在回乡的途中，军舰还在塔希提岛、新西兰。澳大利亚以及其它一些小岛屿抛锚小驻。与在南美洲的尽情考察相比，这些停驻都十分短暂，不足以给予达尔文充足的时间、空间进行全面的考察。尽管如此，他还是尽己所能充分利用时间在太平洋和印度洋考察礁湖和珊瑚礁；在澳大利亚的河流中观察一对嬉戏的鸭嘴兽；在大西洋阿森松岛观测火山斜面零碎的样本；甚至在孤寂的圣赫勒拿岛，悠闲地环绕拿破仑的墓地散步。
1835年地震后处于一片废墟中的智利康塞普西翁。几天后，达尔文参观了这片废墟，称之为“我所见到的最恐怖、最有趣的景象”。
到此为止，环球航行已大大超出所有人心目中的预定时间，达尔文和同船水手都渴望快快回家。然而菲茨罗伊宣布，为了完成一系列的环球天文测量，在返回英国之前，贝格尔号将穿越大西洋在巴西做最后一次停留。这个决定使全船人处于一片阴郁之中，达尔文万分恼火，在给姐姐苏珊的信中写道：“我讨厌大海！我痛恨在它上面航行的所有船只！”幸好军舰重返英国前，在巴西只停留了短短几天。最终，像达尔文写的那样：“十月二号，我们终于抵达英国海岸。在法尔第斯，我离开贝格尔号，结束了在那个小小船舱内将近五年的海上生活！”
第三章贝格尔号之旅
这封决定达尔文命运的信来自约翰·史蒂文斯·亨斯洛。信中提供了一个千载难逢的机会：乘船环海旅行。英国军舰贝格尔号被派往南美洲进行一次环海考察，然后取道太平洋、印度洋返回英国。贝格尔号的船长罗伯特·菲茨罗伊，二十六岁，物色陪他三年航海生涯的旅伴。对于博物学来说，这是研究地球各个角落求之不得的机会。亨斯洛推荐了达尔文。他会感兴趣吗？
结论不容置疑。早在剑桥时，达尔文就拜读了德国博物学家亚历山大·洪堡（AlexandervonHumboldt，1769－1859）的著作。洪堡是举世公认的著名科学家、旅行家。他对南美洲热带雨林和火山带的描述，激发了达尔文无边的想象力。他非常渴望亲眼目睹这些遥远地方的奇迹。拆读亨斯洛的来信，达尔文兴奋难抑。但是第二天，他的日记中出现了这么几个字：“旅行被拒绝了。”这个简短的句子背后蕴藏着难以抚慰的深深失望。
驶近南美洲南端火地岛的贝格尔号。对于这里冷漠荒凉的景象，达尔文写道：“我从未见过如此毫无生起、令人沮丧的景象。”
1831年8月31日的一封信。达尔文告诉父亲，舅舅约赛亚·韦奇伍德二世同意自己随贝格尔号环球航行。于是罗伯特医生答应了达尔文的请求，从此改变了整个科学发展史的进程。
罗伯特医生拒绝了儿子充满希望的请求。达尔文承认，这次航海计划面临许多阻碍。首先，花费昂贵，必须自己购买一些科学设备和食物。其次，旅行毫不舒适，危机四伏，许多旅行家死于海难和热带疾病。事实上，贝格尔号不过是一艘双桅小横帆船。这种船极易遇难，被称为“浮动的棺材”。另外还有一些人也获得了这一机会，但都被他们以各式各样看似完美的理由拒绝了。最后，医生担心多年的旅行和冒险，会使儿子不再安心于牧师平静的生活。达尔文一向尊重父亲的决定，事事渴望获得他的赞同。只好怀着满腹的失望，给亨斯洛写信推辞了这个机会。在信末，他写道：“如果不是因为父亲，我愿为它冒任何危险。”
事情也不是完全没有余地。罗伯特医生曾说过：“如果你能找到任何一位常识丰富的人赞同你去，我将同意你出海。”舅舅乔赛亚·韦奇伍德二世总是非常明智，认为乘船环球旅行对达尔文大有好处，既能开阔他的眼界，又能开拓他的科学视野，这使达尔文十分高兴。罗伯特医生得知韦奇伍德的赞同意见后，也立即慷慨同意了儿子的请求。对此，达尔文心中总是满怀无以描述的感激。他深知，剑桥的学习已花掉了父亲一大笔钱，这一次的花费要比上次多得多。他开玩笑说，在船上他必须“特别聪明”，以便花掉这一大笔钱。父亲笑着回答说：“他们早就告诉我，你特别聪明。”
贝格尔号定于十月份扬帆出海。由于太多的准备工作，达尔文一下子陷入了紧张与忙乱之中，然后赶赴伦敦与菲茨罗伊会面。几天后，在船长的带领下，达尔文参观了这艘以后几年内将是他栖居之家的航船。贝格尔号着实让达尔文吃了一惊。船长仅90英尺，载运74人。他住的地方占据了一个小船舱的一角，只能睡在一张吊床上。虽然贝格尔号干干净净，装备精良，但如此漫长的旅程由这么小的一艘船来完成，达尔文不由得十分担忧。不过在给姐妹们的信中，他热情赞扬菲茨罗伊是一位“理想”的船长。两个人情投意合，实为万幸，因为就是菲茨罗伊决定达尔文能否随船考察。
贝格尔号草图。从图中可以看出，菲茨罗伊和达尔文坐在船长室桌旁。
人们有时称达尔文是贝格尔号的博物学家，这其实并不十分准确。达尔文根本没有取得任何官方资格。实际上，他随贝格尔号出海更多地表明，在十九世纪早期，科学不过是富有绅士打发业余时间的活动而已。尽管在此之前，大部分海军考察任务包含一些博物学考察，但航海时海军很少雇佣博物学家收集生物和地质标本。相反，军方鼓励官员们发展对博物学的兴趣，以便他们在执行常规任务的同时，进行一些科研工作。这个责任一般落在随船医生的身上。罗伯特·麦考密克（RobertMcCormick）医生，贝格尔号的外科医师，是船上真正的官方博物学家，但海军也允许博物学家以个人身份自费随船出海。
海军礼仪规定，严禁船长与下级军官和船员有任何社会交往。对于贝格尔号来说，菲茨罗伊特别渴望找一位私人旅伴。更重要的是，作为国王查理二世的后裔，菲茨罗伊总是以自己的身份为傲，认为船上没有一个人属于他的社会阶层。首先，他需要一位具有相同背景、教养的绅士与他为伴，从而