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一度在地球上四处游荡的恐龙和其它庞大的野兽。它们遗留的化石使人们张口结舌、目瞪口呆。达尔文在南美洲发掘出几个“灭绝怪物”的化石。他在《物种起源》写道：“我想恐怕再也也没有人比我对物种灭绝更加惊奇了。”
目前，科学家认为，物种灭绝一直是生命进程中的一部分。芝加哥大学古生物学家大卫·劳普DavidM。Raup估计。以往存活物种的百分之九十九现在已经灭绝。二十世纪八十年代，劳普和同事杰克·塞普科普斯基（JackSepkoski）详细深入地研究化石记录后，公布了对物种灭绝“背景”比率的研究结果，即有机体在地球生命史中灭绝的正常比例。化石记录表明，物种至少经历了五次大消亡或者大灭绝。从地质学角度来看，在极短的时间内。灭绝的比例急剧地上升。根据劳普的研究，规模最大的物种灭绝发生在大约2。25…2。45亿年似前，消亡的物种竟占存活物种的百分之九十六之多。所有物种的四分之三，包括最后一代恐龙，在0。65亿年前的大灭绝中消失。
对于这些大灭绝、科学家们提出了许多理论。有些科学家认为，起因是当大陆板块从热带向极地漂移时，全球气候发生的变化。还有一些科学家宣称。大规模的小行星群或者彗星群与地球相撞，产生世界范围的尘云，遮住了阳光。致使气温下降，导致了物种大灭绝。地质学家和古鸟类学家仍然在为这些和其它一些理论找证据。
物种灭绝和物种进化关系密切。达尔文发现，关于物种和生命形式更替阶段之间的关系，灭绝物种的化石是绝妙的解释。达尔文还意识到，新物种的产生与现存物种的消亡密切相关。在《物种起源》中他写道：“新物种的出现和旧物种的消失……紧密地联系在一起。”关于物种灭绝以及它在物种形式（新物种的形成）中的作用，进化论生物学家不断提供全新的思想。富有影响的思想之一来自哈佛大学的斯蒂芬·杰伊·古尔德（StephenJayGould）和美国自然历史博物馆的奈尔斯·埃尔德雷德（NilesEldredge）。他们的断续性平衡理论认为，物种进化过程中，每隔一段较长时期的稳定，就会有短期的急剧变化；其时某些物种灭绝，某些新物种出现。也就是说，在大约几百万年的时间里，一定数量的物种灭绝后，剧变就会发生，物种灭绝为新物种提供足够的进化空间。
地球正处于另一次物种大消亡中，小行星绝不是此次灭绝的原因。目前的大灭绝是非常完善的物种——智人（现代人的学名）活动的结果。由于生境破坏破坏、环境污染、现代工业的恶果、迅速的人口增长，致使每天都有几十种动植物灭绝。也许在随之而来的几百万年内，物种大灭绝为新物种的发展提供了余地。但是，正如达尔文所言，一个物种消逝后将决不再现”。今天的植物、昆虫等动物一旦灭绝，将永远不会再次出现。
第三章 贝格尔号之旅
这封决定达尔文命运的信来自约翰·史蒂文斯·亨斯洛。信中提供了一个千载难逢的机会：乘船环海旅行。英国军舰贝格尔号被派往南美洲进行一次环海考察，然后取道太平洋、印度洋返回英国。贝格尔号的船长罗伯特·菲茨罗伊，二十六岁，物色陪他三年航海生涯的旅伴。对于博物学来说，这是研究地球各个角落求之不得的机会。亨斯洛推荐了达尔文。他会感兴趣吗？
结论不容置疑。早在剑桥时，达尔文就拜读了德国博物学家亚历山大·洪堡（AlexandervonHumboldt，1769－1859）的著作。洪堡是举世公认的著名科学家、旅行家。他对南美洲热带雨林和火山带的描述，激发了达尔文无边的想象力。他非常渴望亲眼目睹这些遥远地方的奇迹。拆读亨斯洛的来信，达尔文兴奋难抑。但是第二天，他的日记中出现了这么几个字：“旅行被拒绝了。”这个简短的句子背后蕴藏着难以抚慰的深深失望。
驶近南美洲南端火地岛的贝格尔号。对于这里冷漠荒凉的景象，达尔文写道：“我从未见过如此毫无生起、令人沮丧的景象。”
1831年8月31日的一封信。达尔文告诉父亲，舅舅约赛亚·韦奇伍德二世同意自己随贝格尔号环球航行。于是罗伯特医生答应了达尔文的请求，从此改变了整个科学发展史的进程。
罗伯特医生拒绝了儿子充满希望的请求。达尔文承认，这次航海计划面临许多阻碍。首先，花费昂贵，必须自己购买一些科学设备和食物。其次，旅行毫不舒适，危机四伏，许多旅行家死于海难和热带疾病。事实上，贝格尔号不过是一艘双桅小横帆船。这种船极易遇难，被称为“浮动的棺材”。另外还有一些人也获得了这一机会，但都被他们以各式各样看似完美的理由拒绝了。最后，医生担心多年的旅行和冒险，会使儿子不再安心于牧师平静的生活。达尔文一向尊重父亲的决定，事事渴望获得他的赞同。只好怀着满腹的失望，给亨斯洛写信推辞了这个机会。在信末，他写道：“如果不是因为父亲，我愿为它冒任何危险。”
事情也不是完全没有余地。罗伯特医生曾说过：“如果你能找到任何一位常识丰富的人赞同你去，我将同意你出海。”舅舅乔赛亚·韦奇伍德二世总是非常明智，认为乘船环球旅行对达尔文大有好处，既能开阔他的眼界，又能开拓他的科学视野，这使达尔文十分高兴。罗伯特医生得知韦奇伍德的赞同意见后，也立即慷慨同意了儿子的请求。对此，达尔文心中总是满怀无以描述的感激。他深知，剑桥的学习已花掉了父亲一大笔钱，这一次的花费要比上次多得多。他开玩笑说，在船上他必须“特别聪明”，以便花掉这一大笔钱。父亲笑着回答说：“他们早就告诉我，你特别聪明。”
贝格尔号定于十月份扬帆出海。由于太多的准备工作，达尔文一下子陷入了紧张与忙乱之中，然后赶赴伦敦与菲茨罗伊会面。几天后，在船长的带领下，达尔文参观了这艘以后几年内将是他栖居之家的航船。贝格尔号着实让达尔文吃了一惊。船长仅90英尺，载运74人。他住的地方占据了一个小船舱的一角，只能睡在一张吊床上。虽然贝格尔号干干净净，装备精良，但如此漫长的旅程由这么小的一艘船来完成，达尔文不由得十分担忧。不过在给姐妹们的信中，他热情赞扬菲茨罗伊是一位“理想”的船长。两个人情投意合，实为万幸，因为就是菲茨罗伊决定达尔文能否随船考察。
贝格尔号草图。从图中可以看出，菲茨罗伊和达尔文坐在船长室桌旁。
人们有时称达尔文是贝格尔号的博物学家，这其实并不十分准确。达尔文根本没有取得任何官方资格。实际上，他随贝格尔号出海更多地表明，在十九世纪早期，科学不过是富有绅士打发业余时间的活动而已。尽管在此之前，大部分海军考察任务包含一些博物学考察，但航海时海军很少雇佣博物学家收集生物和地质标本。相反，军方鼓励官员们发展对博物学的兴趣，以便他们在执行常规任务的同时，进行一些科研工作。这个责任一般落在随船医生的身上。罗伯特·麦考密克（RobertMcCormick）医生，贝格尔号的外科医师，是船上真正的官方博物学家，但海军也允许博物学家以个人身份自费随船出海。
海军礼仪规定，严禁船长与下级军官和船员有任何社会交往。对于贝格尔号来说，菲茨罗伊特别渴望找一位私人旅伴。更重要的是，作为国王查理二世的后裔，菲茨罗伊总是以自己的身份为傲，认为船上没有一个人属于他的社会阶层。首先，他需要一位具有相同背景、教养的绅士与他为伴，从而不至于在三年甚至更长的时间里独自一人进餐。菲茨罗伊期望达尔文和他一起在船长室吃饭，陪他在孤独寂寞时聊天，同时收集一些博物学标本为整个环球航行再添荣光。对于这些任务，达尔文信心百倍。碰巧，短短几个月后，由于达尔文拥有比他更多的闲暇和资料来搜集研究物种，麦考密克大为恼火，愤然离开了贝格尔号。这样，达尔文成为贝格尔号唯一的博物学家，获得了军官们和船员们许多善意的帮助。
傲气十足、喜怒无常的贝格尔号船长罗伯特·菲茨罗伊，是他在将近五年的时间里陪伴达尔文环球航行。
离开英国前，达尔文匆忙地购置衣物。衬衣和袜子占据的空间不大，但对于科研设备来说，