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生物分类学是依据动植物之间的异同点进行归类的科学。物种是它的基本单位。瑞典学者卡洛勒斯·林奈（CarolusLinnaens；1707－1778）以毕生的精力划分动植物，奠定了近代分类学的基础。他把所有生命体划分为两大部分。一个是植物界，另一个是动物界。（现代主物学确立了五个范畴：植物界、动物界、真菌界，另外两个界与微小的单细胞生命体有关。）这些大范畴进一步划分为一系列的小范畴。门、纲、目、科、属、种。生物学家有时添加额外的范畴。例如亚门、亚科、亚种（或变种）。
林奈还创立了双名法，如今这一方法仍然被用来鉴别物种。名宇的第一部分确立生命体的属，或相关的物种群体；第二部分解释它是什么专门物种。例如，豹属（Panthera）包括几种大型猫科动物，例如狮子（PantheraLeo）。有时附加第三个名字以确定它的亚种，比如亚洲狮（PantheraLeoPersica）。
书归正传：什么是物种？显而易见，达尔文和近代生物学家一样。把物种定义为：单一生命体的群落，能够相互交配并繁殖能生育的后代。一类物种与其它物种之间的交配存在许多阻碍。或者像生物学家所说的繁殖隔离。物种之间杂交的最大障碍非常简单，事实上，大部分物种从未做过这样的尝试。亲本不同的物种之间，杂交的确发生。例如马和驴的交配，但绝大部分情况下其后代都不能生育。野生的动植物品种的确与亲缘物种共同产生能有繁殖能力的后代，但是其它阻碍加强了繁殖隔离，也许它们生活在不同的区域，被山脉或河流阻隔，这叫做地质隔离。例如，达尔文在加拉帕戈斯群岛上遇见的海龟，相互之间能够交配，但每一种都被局限在自己的生活岛屿上。由于生境不同或繁殖期不同等其它因素，同一地区的物种和亚物种也许会被繁殖隔离。
“进化树形图”。首次出现在达尔文1836年至1844年一本笔记上，当时达尔文正埋头苦思新物种从亲本中分离出去以后如何形成的问题。
目前科学家认为，同一物种的生命体由与共享同一遗传物质，能够相互杂交。遗传研究越来越多地被用来澄清不同物种之间的关系。例如二十世纪八十年代，几个类人猿和人类遗传物质研究小组发现。人类和黑猩猩之间的关系比各自与大猩猩之间的关系密切得多。
繁殖和遗传物质研究也并不总是奏效，生物学早已开始运用行为。颜色、解剖结构、生物龛等特征来区分物种。物种之间的界限也不总是一目了然。有些生场学家被称做聚合分类学家，因为他们力求避免不必要的再次划分，也许会把亚物种归属到主要物种中去；还有一些被称做分解分类学家，他们倾向于条分缕析，划分为更小的群体。
然而，不管观察者是训练有素的科学家还是借助传统知识的猎人，物种的鲜明特征在大部分情况下显然是一致不变的、在新几内亚岛的热带雨林，西方动物学家观察了700多种鸟类，如果没有详细的体态观察，有些物种极难识别。但是随着时间的推移。科学家们惊奇地发现，岛上居民运用鸟类行为和生境的细微差别。轻易而举地将它们区别开来。
第四章 伟大理论的诞生
1836年10月，贝格尔号停泊在法尔第斯，达尔文匆匆回家，与亲人们幸福地团聚，然后埋头整理旅行带回的资料。这项工作耗时长、难度大，包括770页日记，关于地质学和动物学的长篇笔记，还有数千个鸟类、昆虫、植物和岩石标本。达尔文把动物标本分为鸟儿、昆虫等种类，决定每个类别都邀请最优秀的分类学家，对资料进行详尽的归类和描述。
达尔文早已成为名人，能够获得一些著名博物学家的帮助。几年以来，邮递给亨斯洛的化石和其它标本引起强烈的轰动；同时，亨斯洛将达尔文的来信在博物学好友中传阅，使他们产生了浓厚的兴趣。科学界期望达尔文做出不同凡响的成就。亚当·塞治威克在施鲁斯伯里告诉达尔文母校的校长，说达尔文将成为“欧洲博物学界的一代巨匠”。罗伯特医生得知这一评价，非常高兴。刚一回国，达尔文就受到地质学家查尔斯·赖尔的接见。两人一见如故，很快成为终生好友。年轻地质学家的工作给赖尔留下了深刻的印象，在他的安排下，达尔文加人了伦敦地质学会。在紧随环球航行以后的几年内，达尔文在地质学会宣读了大量学术论文（尽管在公共场合露面他总是怯场），并且就任学会秘书。
显而易见，将环球考察的结果整理以便发表，尚需很长一段时间。同时，查尔斯·达尔文最终也清醒地认识到自己一生的真正目标。进人教会的计划悄悄地销声匿迹，罗伯特医生给儿子提供了足够数额的金钱，使他生活舒适、后顾无忧，全身心地投入到博物学研究中去。长篇巨著——《贝格尔号航行期内的动物志》的出版获得政府资助，达尔文将编纂其中五卷，分别由正在研究他收集的资料的博物学家撰写。达尔文还想写一本书描述航海的经历。在施鲁斯伯里和剑桥住了几个月以后，达尔文在伦敦租了几间房子，以便与科学界，特别是博物学界的同伴呆在一起，然后着手开始工作。
达尔文极不喜欢伦敦，烟尘、污垢和浓雾遮天蔽日，使整座城市黯淡无光，如同达尔文抱怨的那样，仿佛在哀悼“太阳的死亡”。当然，都市的学术明星耀眼夺目。在哥哥拉斯和新朋友赖尔的帮助下，著名数学家查尔斯·巴比奇（CharlesBabbage）家的聚会多次邀请达尔文参加。除了科学界的巨子以外，还包括一些著名作家，如历史学家托马斯·卡莱尔（ThomasCarlyle），他们与时髦漂亮的女士同聚一堂。
地质学的创始人查尔斯·赖尔是达尔文的启蒙导师之一，他未能公开支持达尔文的观点，使后者陷入深深的失望之中。
尽管工作量大而有趣，社交活动繁忙，达尔文开始感到孤独。1838年之前，他开始思考进行一次新的冒险：结婚。达尔文列表详细分析婚姻的优点和缺点。优点包括：有孩子，有人理家，有人做伴——“总比一只狗强”。缺点包括“买书的钱会减少”，最为可怕的是“时间损失”。最后，优点战胜了缺点，达尔文开始追求表姐爱玛·韦奇伍德。爱玛接受了他的求婚，1839年1月，两人步人了婚姻的殿堂。
达尔文的结婚决定，看起来似乎冷酷无情。但毫无疑问，两人深爱着对方，在一起非常幸福，是非常合适的一对：达尔文需要一个人来照顾；爱玛性格活泼、感情细腻，乐于无微不至地关心丈夫。两人的结合是达尔文家族和韦奇伍德家族表亲结婚其中的一对，进一步密切加深了两个家族之间的关系。作为陪嫁，乔赛亚·韦奇伍德二世给小两口金钱数目可观，再加上罗伯特·达尔文给的一大笔钱，确保达尔文和他的家庭经济宽裕。这笔资金，不但使达尔文没有必要为养家蝴口工作，而且使他成了一个有钱人。
爱玛·韦奇伍德——达尔文富有爱心和奉献精神的妻子，虽然她对科学兴趣不大，但是常常为达尔文的某些观点担忧不安。
在伦敦租住的房子里，达尔文和爱玛营造了第一个家。刚刚搬进去时，达尔文“惊叹”自己数目庞大的书籍、岩石以及其它一些杂乱的科研设施，爱玛的反应没有记录下来。几个月后，记叙贝格尔号环球航行的著作面世。这部书共有三卷，分别由达尔文、菲茨罗伊和贝格尔号的另外一名军官撰写。这是达尔文的第一部著作，他紧张不安地等待着公众的反应。担心显然毫无必要，作为三卷中写的最好、最为有趣的一本，他的书深受欢迎，赖尔和其他科学家为之喝彩不已。达尔文崇拜的偶像亚历山大·洪堡称赞它是已经出版的最好的游记之一．这本书销量很好，后来采用单行本的方式以不同的题目多次再版，例如：《考察日记》和《贝格尔号之旅》。发现自己也能写作，而且写得很好，达尔文十分高兴。写信给亨斯洛说：“即使活到八十岁，我仍然会为发现自己竟然是一名作家而惊叹不已。”他接着又写道：“这一惊人的转变，都归功于您。”
1839年10月，达尔文和爱玛的第一个孩子威廉·伊拉斯谟（William